Не могу прописать отца по месту жительства его детей.

Вы не указали кто именно отказывает.Если в паспортном,то пусть берет письменный отказ и обжалует его в суд.

с каких пор отец перестал являться прямым родственником своих детей? может быть вы не правильно поняли? для прописки нужно согласие всех зарегистрированных в квартире. Если его не прописывают, значит, кто-то из зарегистрированных против его прописки.и не важно кто прописывается: родственник или чужой человек.