Командование хочет меня уволить по несоблюдению условии котракта

Андрей, да это правомерно.
Согласно статьи 16 ФЗ "О Федеральной Службе Безопасности" от 03.04.1995:
Граждане Российской Федерации не могут быть приняты на службу или на работу в органы федеральной службы безопасности, а военнослужащие и гражданский персонал органов федеральной службы безопасности МОГУТ БЫТЬ УВОЛЕНЫ со службы или с работы по основаниям, предусмотренным законодательством Российской Федерации, либо в случае:
в) наличия судимости в настоящее время или в прошлом, в том числе снятой или погашенной, если в отношении их прекращено уголовное преследование за истечением срока давности, в связи с примирением сторон, вследствие акта об амнистии или в связи с деятельным раскаянием.