Гражданско-правовой договор- это обычно разовый договор на выполнение какой-то работы (договор подряда) , человек не вступает в трудовые отношения с работодателем, не имеет соц. гарантий в соответствиии с ТК РФ, поэтому и запись в трудовую не делают.